تعتبر مديرية الشؤون المالية والإدارية من إحدى ركائز الهيئة المهمة في هيئة اعتماد مؤسسات التعليم العالي وضمان جودتها والتي تضطلع بمهام وواجبات وظيفية هامة جدا تتعلق بكافة الشؤوون المالية والإدارية للهيئة، حيث تتكون المديرية من ثمان أقسام رئيسية وفقاً للهيكل التنظيمي .
ويشير مدير مديرية الشؤون المالية والإدارية الدكتور عبدالله الشبلي إلى أن المديرية تتولى مهمة تنظيم وتسيير الشؤون المالية والإدارية في الهيئة من موارد بشرية وتطوير ورفع كفاءة العمل المؤسسي وضبط النفقات وصرف اللوازم وتقديم خدمات إدارية لكافة الموظفين، بالإضافة الى وضع الخطط الإدارية اللازمة لتنفيذ العمل وفقاً لنظام الخدمة المدنية والقوانين والتشريعات النافذة ومنها: إعداد جدول تشكيلات الوظائف الحكومية السنوي والاشراف على كافة شؤون الموارد البشرية في الهيئة، وكذلك إعداد مشروع موازنة الهيئة وإدارة الإنفاق واجازة صرف المستحقات واعداد الرواتب والمكافآت والعلاوات الشهرية وصرفها لمستحقيها، وقبض الرسوم وإعداد التقارير المالية والحسابات الختامية، والإشراف على تنفيذ جميع الإجراءات المتصلة بإدارة الشؤون المالية والإدارية في الهيئة.
ويؤكد الشبلي إلى أن الاتساق والنزاهة والتعاون والجودة والفعالية والاستجابة والخبرات المهنية هي القيم التي تقوم عليها مديرية الشؤون المالية والإدارية.